Es van millorar les infraestructures i el material per al futbol base per tal d’augmentar-ne els equips i les condicions dels entrenaments i partits.
El 2005, coincidint amb el 60 aniversari de l’entitat, es van dur a terme diverses activitats com la visita al Camp Nou i a l’Espanyol-Sevilla, entrega de trofeus i d’un rellotge commemoratiu. A més, es va crear una pàgina web per informar del dia a dia del Club i un llibre en el qual es repassava la història de l’Agrupació.
La segona temporada es va començar a moure el nou camp de de gespa artificial, ja que fins al moment el futbol base jugava al camp de terra annex. El gener del 2007 van començar les obres del camp, substituint la gespa natural per herba artificial. Això va dur el primer equip a jugar al camp del Salt, que va cedir les instal·lacions.
Els equips de futbol base seguien jugant al camp de futbol de terra. Sis mesos després el camp de gespa artificial ja era una realitat i es va inaugurar amb un partit entre els veterans del Sant Gregori i els de l’Espanyol. Albert Jorquera, exporter del FC Barcelona i Girona entre d’altres i l’exfutbolista professional Marc Crosas van ser els encarregats de fer la sacada d’honor.
El 2008 Narcís Rivera va ser president per uns mesos, fins que l’exjugador del Sant Gregori Jaume Rebujent va entrar a la presidència durant un any. Després que Narcís Rivera tornés a ser president del 2011 al 2014, la temporada 2014/15 va entrar una nova Junta Directiva encapçalada per Albert Casadevall.
L’any 2010 es recupera el futbol femení després del primer equip que hi havia els anys 80. Un grup de noies de Sant Gregori entrena els divendres i, progressivament, va creixent l’afició amb Martí Frigolé i Jordi Arnau com a entrenadors. Tres anys després s’hi va afegir un grup de noies de Girona i van competir el 2013 a Segona. El 2015 es va dissoldre l’equip per motius personals i laborals de les jugadores, però amb el gran record d’aquesta època de futbol femení.